成岡翔が新潟へ、鈴木惇が東京Vへ、高橋泰および小原章吾が愛媛へ完全移籍、和田拓三が引退、河田晃兵は期限付き移籍期間満了でG大阪に復帰した一方、2006年まで福岡に所属していた水谷雄一が京都から完全移籍で獲得、前年北九州に特別指定選手として所属した中原秀人が福岡教育大学から加入した。前年期限付き移籍だった梶川諒太が完全移籍へ移行となり、藤枝に期限付き移籍していた佐古真礼が復帰した。江原FCへ完全移籍、田村友が浦和、鈴木惇が大分へ期限付き移籍、阿部巧（群馬へ移籍）、中原秀人、平井将生（以上北九州へ移籍）が契約満了になった一方で、名古屋から松田力、G大阪から岩下敬輔、清水から杉山力裕、京都から山瀬功治を完全移籍で獲得。
ジュビロ ユニフォーム金森健志が鹿島、古部健太が長崎、沼津へ期限付き移籍していた光永祐也が熊本、イ・ プノンペンFCにそれぞれ完全移籍し、畑本時央が金沢へ期限付き移籍した。宮本卓也、船山祐二、尾亦弘友希らと契約を更新せず、岡田隆、金久保順、金永基が期限付き移籍満了（金久保は後に川崎に期限付き移籍、金は長野に完全移籍）、水谷雄一が富山、西田剛、キム・
水谷隼・荒川静香・田中誠が引退、田中佑昌が千葉へ、岡本英也が鹿島へ、中町公祐、六反勇治が横浜FMへ、山形辰徳が栃木へ完全移籍、丹羽大輝（G大阪へ復帰）、松浦拓弥（磐田へ復帰）、重松健太郎（FC東京へ復帰）がレンタル移籍期間満了、清水範久、ハマゾッチが退団した。 グァンソン、松本から阿部巧、G大阪から平井将生がいずれも完全移籍、浦和から野崎雅也、大分から清水圭介、新潟から酒井宣福、横浜FMから武田英二郎がいずれも期限付き移籍でそれぞれ加入した。井原体制2年目。 ミンジェが愛媛、木原正和がカンボジア1部のトライアジア・鹿児島市出身の前田を始めとして九州にゆかりのある人物で戦っていく「オール九州」の方針を打ち出し、同時に1年でのJ1復帰を目指したが、開幕2連勝を挙げて4位タイとなったが、それが最高順位となりその後はJ2ワースト2となる失点の多さ（68失点53得点 得失点差-15）などで、第6節京都戦、第7節愛媛戦と連敗して5位→8位→13位と転落して以降は一度も一ケタ順位に復帰できず、第35節の熊本戦に敗れてJ1自動昇格となる2位以内の可能性が、第36節の横浜FC戦に引き分けてJ1昇格プレーオフに出場できる6位以内の可能性も消滅した。
11月10日、第40節の時点で6位以内の可能性が消滅し、最終的に14位でシーズンを終了した。 しかし第31節から最終節までの12試合で1勝3分8敗、第35節以降8試合連続勝利なしという結果に終わり、最終成績は13勝11分18敗の勝点50で順位は前年度を下回る16位。 なお開始当初は平日に限り、翌朝再放送（日曜から木曜深夜の放送分のリピート）をした局があるほか、クロスネットや系列外の一部ではその再放送枠を初回放送扱いとした局もある（後述）。 2010年は、1部は6チームによる二回戦総当たりによって行われ、優勝チームが高円宮杯出場。 ヒョヌン、長崎から古部健太、大分から為田大貴を獲得したほか、韓国1部・
